La presencia humana en la localidad de Los Yébenes se remontan a la Edad del Bronce época de la que se conocen varios yacimientos como Montón de Trigo y Chorreras.
Su fundación se sitúa en el gobierno del emperador romano Traja no. La presencia rom ana se pu ede certificar con l a presencia de algunos restos de esta época como la IV Calzada romana, cuyo trazado aún subsiste.
Existen noticias de la dominación árabe ya desde el año 930, cuando el califa cordobés Abderramán 111 acampó con sus huestes a orillas del río Algodor, para tomar las poblacion es de Mora y Toledo.
La importancia estratégica del área fue crucial para que fuera sucesivamente ocupada por musulmanes y cristianos. Las fortalezas, atalayas y castillos que se em plazan sobre el término municipal atestiguan lo dicho.
Con el paso de los afi.os los señoríos medievales dividen a la población en dos mitades, quedando una de las partes bajo el dominio de l a Ciudad de Toledo, y la otra, goberna da por los Caballeros de la Orden de San Juan de Jerusalén.
Yébenes de Toledo es más antiguo que la villa gobernada por los sanjuanistas. No obstante, desde la antigua Noliva de los carpetanos, basta la donación del rey Enrique I al arzobispo toledano Rodrigo Ximénez de Rada, no hay noticia histórica de la pobl a ción. En el año 1243, el rey Femando III , recibe el acta de cesión de estos territorios.
Por lo que se refiere a la villa de Yébenes de San Juan, decir que fue propiedad de los templarios. Se tiene constancia que fue repoblada por la Orden de San Juan en el siglo XIIl, a través de las cartas pueblas que otorgaron los comendadores de esta orden en toda la Mancha. Por su parte, los Yébenes de San Juan fueron cedidos entre 1238 y 1241. Durante seis siglos conviven dos núcleos urbanos, con parroquias, ayuntamientos y jurisdicciones diferentes, hasta que en el gobierno del ll amado Trienio Liberal (1822) llega el primer ensayo unificador, anulado al año siguiente. Entre 1833 y 1835 se consigue la unión definitiva que acaba con 564 años de división jurídica y administrativa.
La gran extensión del término municipal de Los Yébenes le sitúa entre los veinticinco más grandes de España. Brindándo le una gran capacidad para acoger en sus tierras gran variedad de fauna y flora que hacen a esta zona una de las más ricas de la comunidad. La especie vegetal predominante es la encina, aunque también se pu eden observar otras clases de árboles como los alcornoques, sauces, fresnos... En l a sierra existe un matorral denso de coscoja, enebro y quejigo, entre mares de retama, jara y romero, especialmente en aquellas áreas que se dedicaron al pastoreo. Respecto de la fauna, destacar aves esteparias, como el sisón y la avutarda, anátidas, aves montunas, como la perdiz; rapaces, nocturnas y diurnas. Mamíferos como la nutria, la comadreja y el erizo. O de interés cinegético, como el ciervo o el corzo. La enorme cantidad de caminos per mite a los turistas, amantes de la naturaleza, disfrutar de este pequeño paraíso natural.
